高壓細胞破碎儀采用電機驅動，而非氣動方式，也不使用壓縮空氣調節均質閥，這避免了空氣經壓縮產生的水份進入高壓泵或均質閥腔體，污染細胞破碎的樣品，而導致高壓細胞破碎儀無法正常運行。高壓細胞破碎儀對酵母細胞、大腸桿菌破碎，一次破碎，細胞破碎率可以達到90％以上，2次或2次以上破碎，細胞破碎率可以達到大約100％，且細胞破碎后釋放的蛋白活性好。
高壓細胞破碎儀就是將電能通過換能器轉換為聲能，這種能量通過液體介質而變成一個個密集的小氣泡，這些小氣泡迅速炸裂，產生的象小一樣的能量，從而起到破碎細胞等物質的作用的儀器。聲波細胞破碎儀工作原理基于超聲波在液體中的空化作用，換能器將電能量通過變幅桿在工具頭頂部液體中產生高強度剪切力，形成高頻的交變水壓強，使空腔膨脹、爆炸將細胞擊碎。另一方面由于超聲波在液體中傳播時產生劇烈地擾動作用，使顆粒產生很大的加速度，從而互相碰撞或與器壁互相碰撞而擊碎。
高壓細胞破碎儀如何進行細胞破碎：
1、高速組織搗碎：將材料配成稀糊狀液，放置于筒內約1/3體積，蓋緊筒蓋，將調速器先撥至zui慢處，開動開關后，逐步加速至所需速度。此法適用于動物內臟組織、植物肉質種子等。
2、玻璃勻漿器勻漿：先將剪碎的組織置于管中，再套入研桿來回研磨，上下移動，即可將細胞研碎，此法細胞破碎程度比高速組織搗碎機為高，適用于量少和動物臟器組織。
3、超聲波處理法：用一定功率的超聲波處理細胞懸液，使細胞急劇震蕩破裂，此法多適用于微生物材料，用大腸桿菌制備各種酶，常選用50-100毫克菌體/毫升濃度，在1KG至10KG頻率下處理10-15分鐘，此法的缺點是在處理過程會產生大量的熱，應采取相應降溫措施。對超聲波敏感和核酸應慎用。
4、反復凍融法：將細胞在-20度以下冰凍，室溫融解，反復幾次，由于細胞內冰粒形成和剩余細胞液的鹽濃度增高引起溶脹，使細胞結構破碎。
5、化學處理法：有些動物細胞，例如腫瘤細胞可采用十二烷基磺酸鈉(SDS)、去氧膽酸鈉等細胞膜破壞，細菌細胞壁較厚，可采用溶菌酶處理效果更好。
